2nd OUBIC Bioinformatics Training Workshop
第2回OUBICバイオインフォマティクス講習会
- 日時 / Date & Time：2025年7月31日（木曜日） / Thursday, July 31, 2025
- 【午前の部 / Morning Session】基本編：Google ColabとLinuxの基礎 / Basics: Google Colab and Linux：10:00–12:00
- 【午後の部 / Afternoon Session】応用編：がん全ゲノム解析のハンズオン / Advanced: Hands-on cancer whole-genome analysis：13:30–16:40
- 形式 / Format：オンライン開催（Zoom） / Online (Zoom)
- 対象 / Audience：学内の学生および教職員 / Students and faculty members
- 言語 / Language：日本語 / Japanese
概要 / Overview
【午前の部】基本編：Google ColabとLinuxの基礎
講師：髙⽥ 創（バイオインフォマティクスセンター 生物情報解析分野ゲノム進化医科学グループ 特任助教（常勤））
内容：前半では、Linuxの説明やGoogle Colab の説明を簡単に⾏います。後半では、基本的なBashコマンドの実⾏の実習を⾏います。
メッセージ： 初めて Dry 解析を行う方向けです。Google Colab 環境で簡単な挙動と一部ゲノム解析に使用するスクリプトを実践していただきます。
以下のような方々を対象としています。
- プログラミングに興味のある学部生や大学院生
- Wet 中心だがDry 解析を始めたい研究者
- 実際の簡単な bash スクリプトや実行時の挙動を知りたい方
事前準備：Google アカウント
【午後の部】応用編：がん全ゲノム解析のハンズオン
講師：髙⽥ 創（バイオインフォマティクスセンター 生物情報解析分野ゲノム進化医科学グループ 特任助教（常勤））
内容：肺癌の中で有名な遺伝⼦変異である KRAS 変異をもつ細胞株の公開データを⽤いて全ゲノム解析のハンズオンを⾏います。Google Colab を⽤いて⾏うので、Google accountがあればPCのスペックは問いません。
メッセージ： がんゲノム解析に関して簡潔に説明した後に、授業中に実行可能な全ゲノム解析の計算の一部を一緒に行う時間を設けます。ハンズオンを中心としますが時間が余った場合は、Dry 解析の理解にも必要なPC 購入時に悩むような内部構造や並列計算に関して料理人など例えを出しながら説明します。
以下のような方々を対象としています。
- ゲノム解析に興味がある方（全ゲノム解析データから一部抽出したデータを用いて解析を行います。）
- がんゲノム解析に興味がある方
- PC 選びの際のCPU, メモリがよくわからない方
- スパコン環境や並列計算がよくわからない方
- Docker やSingularity に興味がある方
- がんゲノム医療（CGP など）を実践しているがリードやアレル頻度がイメージできない医師（終盤のIGV からご参加ください）
事前準備：Google アカウントおよびGoogle Drive の空き容量12GB 程度
資料・配布物 / Materials
- ポスター
第2回バイオインフォマティクス講習会講義スライド(公開終了 / Access expired)第2回講習会で用いたipnybファイル(公開終了 / Access expired)
※ お知らせ / Notice （2026-03-01）
本資料の公開は終了しました。再公開の予定はありません。すでにお手元にあるファイルについては、個人利用の範囲で自己責任にてご利用いただけます。ただし、転載・再配布はご遠慮ください。
The public availability of these materials has ended, and there are no plans to republish them. If you already have a copy, you may continue to use it for personal purposes at your own risk. However, please refrain from reproducing or redistributing the materials.
目次 / Table of Contents
【午前の部】基本編：Google ColabとLinuxの基礎
- Linux に関して
- 午前のハンズオン実習
【午後の部】応用編：がん全ゲノム解析のハンズオン
- がんとバイオインフォマティクス
- 午後の実習
- 自前PCとスパコンに関して