4th OUBIC Bioinformatics Training Workshop
第4回OUBICバイオインフォマティクス講習会
- 日時 / Date & Time：2025年9月9日（火曜日） / Tuesday, September 9, 2025
- （応用編）並列計算機を用いたがん全ゲノム解析 / (Advanced) Cancer whole-genome analysis using parallel computing systems：13:30–16:40
- 形式 / Format：微生物病研究所本館 第一会議室 / Main Building, 2nd Floor, Conference Room 1，RIMD
- 少人数を対象とし、第2回講習会のフォローアップを対面で行います / This session provides an in-person follow-up for participants of the 2nd workshop, conducted in a small-group setting
- 対象 / Audience：学内の学生および教職員 / Students and faculty members
- 言語 / Language：日本語 / Japanese
概要 / Overview
（基本編）Linuxの基礎
講師：髙⽥ 創（バイオインフォマティクスセンター 生物情報解析分野ゲノム進化医科学グループ 特任助教（常勤））
内容：第２回講習会でオンライン講義にて計算量の制約から割愛した解析内容を含め、以下のテーマを中⼼に進めます。
- 全ゲノム解析を⾼速化するためのParabricksの導⼊⽅法
- 肺癌において重要な遺伝⼦変異の解説
- スパコン環境を⽤いたParabricksのハンズオン実習
オンライン講習会ではオンライン環境の制約により⼗分に扱えなかった解析部分も、今回はスパコン環境で実践可能です。参加者の皆様にはParabricksを⽤いた⾼速計算を実際に体験していただきます。
以下のような方々を対象としています。
- ゲノム解析に興味がある方（全ゲノム解析データから一部抽出したデータを用いて解析を行います。）
- がんゲノム解析に興味がある方
- スパコン環境や並列計算がよくわからない方
- Docker やSingularity に興味がある方
- がんゲノム医療（CGP など）を実践しているがリードやアレル頻度がイメージできない医師（終盤のIGV からご参加ください）
事前準備：Google アカウントおよびGoogle Drive の空き容量12GB 程度
資料・配布物 / Materials
- ポスター
第2回バイオインフォマティクス講習会講義スライド(公開終了 / Access expired)第2回講習会で用いたipnybファイル(公開終了 / Access expired)
※ お知らせ / Notice （2026-03-01）
本資料の公開は終了しました。再公開の予定はありません。すでにお手元にあるファイルについては、個人利用の範囲で自己責任にてご利用いただけます。ただし、転載・再配布はご遠慮ください。
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目次 / Table of Contents
（応用編）並列計算機を用いたがん全ゲノム解析
- 全ゲノム解析を⾼速化するためのParabricksの導⼊⽅法
- 肺癌において重要な遺伝⼦変異の解説
- スパコン環境を⽤いたParabricksのハンズオン実習