5th OUBIC Bioinformatics Training Workshop
第5回OUBICバイオインフォマティクス講習会

• 日時 / Date & Time：2025年9月18日（火曜日） / Tuesday, September 18, 2025
  • Seuratを用いた空間的トランスクリプトーム解析 / Spatial transcriptomics analysis using Seurat：13:30–16:40
• 形式 / Format：微生物病研究所本館 第一会議室 / Main Building, 2nd Floor, Conference Room 1，RIMD
  • 少人数を対象とし対面で行います / The session is designed as an in-person, small-group format
• 対象 / Audience：学内の学生および教職員 / Students and faculty members
• 言語 / Language：日本語 / Japanese

概要 / Overview

Seuratを用いた空間的トランスクリプトーム解析

講師：髙⽥ 創（バイオインフォマティクスセンター 生物情報解析分野ゲノム進化医科学グループ 特任助教（常勤））

内容：VisiumHDの公開データを使⽤した空間的トランスクリプトーム解析をハンズオン実習として⾏います。メモリ不⾜回避のためにスパコン環境を使⽤します。Seuratを⽤いた基本的な解析を中⼼に⾏う予定です。

以下のような方々を対象としています。

• 空間的トランスクリプトーム解析の初歩的な解析に興味がある方
• スパコン環境（微研スパコンもしくはSHIROKANE）の使用に慣れていない方

事前準備：スパコン環境（微研スパコンもしくはSHIROKANEのアカウント）

資料・配布物 / Materials

• ポスター
• 講義スライド (公開終了 / Access expired)
• 講習用ipnybファイル (公開終了 / Access expired)
• サンプルデータ (公開終了 / Access expired)
• Singularity / Apptainer用コンテナファイル (公開終了 / Access expired)

※ お知らせ / Notice （2026-03-01）
本資料の公開は終了しました。再公開の予定はありません。すでにお手元にあるファイルについては、個人利用の範囲で自己責任にてご利用いただけます。ただし、転載・再配布はご遠慮ください。
The public availability of these materials has ended, and there are no plans to republish them. If you already have a copy, you may continue to use it for personal purposes at your own risk. However, please refrain from reproducing or redistributing the materials.

目次 / Table of Contents

Seuratを用いた空間的トランスクリプトーム解析

• スパコン環境でのインタラクティブな解析のための事前設定
• スパコン環境での共有したSeurat環境の使用
• Visium HD の Seurat の Tutorial に沿った基本的な解析
• 二次解析:既知の論文の代表マーカー遺伝子によるAnnotaition; インタラクティブな解析（plotly）
• R スクリプトを R入出力画面を使用せずに実行（Rscript）
• 並列計算：resolutionやdimentionなど数値をかえた複数条件での解析実行
• Xeniumの解析